Đak Pơ là một trong những khu vực chịu tác hại của chất độc màu da cam trong chiến dịch rải chất độc hóa học của quân đội Hoa Kỳ mở đầu từ ngày 10 tháng 8 năm 1961.[2]

Trước năm 2003, huyện Đak Pơ là một phần huyện An Khê cũ.

Ngày 9 tháng 12 năm 2003, huyện An Khê cũ chia tách thành thị xã An Khê và huyện Đak Pơ[3]. Huyện Đak Pơ được thành lập trên cơ sở 7 xã còn lại của huyện An Khê là: An Thành, Cư An, Hà Tam, Phú An, Tân An, Ya Hội, Yang Bắc. Đồng thời, thành lập xã Đak Pơ trên cơ sở 1.963 ha diện tích tự nhiên và 3.092 nhân khẩu của xã An Thành.

Khi mới thành lập, huyện có 8 đơn vị hành chính trực thuộc, gồm 8 xã: An Thành, Đak Pơ, Cư An, Hà Tam, Phú An, Tân An, Ya Hội, Yang Bắc. Huyện lỵ đặt tại xã Đak Pơ.

Ngày 23 tháng 12 năm 2013, thành lập thị trấn Đak Pơ, thị trấn huyện lỵ của huyện Đak Pơ trên cơ sở toàn bộ diện tích và dân số của xã Đak Pơ.[4]

Từ đó, huyện Đak Pơ có 1 thị trấn và 7 xã như hiện nay.